В коллекции музея православной гимназии собраны рукописные книги, старинные иконы, кресты, облачения священнослужителей и прочие обрядовые принадлежности. Некоторым экспонатам более 300 лет. Многие реликвии были переданы на хранение храмами.

Название музея связано не только с библейской историей о всемирном потопе. Ковчегами ещё называют специальные застеклённые шкафы для хранения икон, которые также представлены в экспозиции музея. Экскурсоводами стали 16 учеников Православной гимназии. Исследовать экспонаты, следить за сохранностью коллекции и вести экскурсии ребят обучили опытные специалисты музейного дела. Самые юные сотрудники музея учатся в пятом классе. Они примерили на себя роль настоящих исследователей: изучали реликвии, отслеживали их историю.
НИКИТА ПАНЧЕНКО, УЧЕНИК ПРАВОСЛАВНОЙ ГИМНАЗИИ:
— Можем заметить на этой книге небольшие такие жёлтые пятнышки, то, что говорит о её возрасте очень большом. В книге также мы нашли этапы проекта, этапы создания. И сначала несколько этапов создания этого храма.
Экспонаты собирали около 8 лет со времён открытия учебного учреждения. Однако музей появился только сейчас, после победы проекта гимназии на конкурсе «Православная инициатива». На средства полученного гранта было приобретено оборудование и организованы обучающие курсы для юных экскурсоводов. Посетить музей может каждый желающий, но только предварительно записавшись.
ИННА АПОЛОНСКАЯ, РУКОВОДИТЕЛЬ МУЗЕЯ:
— В музее можно ближе рассмотреть, можно узнать историю, можно узнать значение, смысл, да, вот, того, тех предметов, с которыми в церковном пространстве, прежде всего, люди встречаются.

София Беренёва, Василий Терехов